概ねちゃんと動いています。Yosemiteへバージョンアップした後、ひととおりアプリケーションを使っていますが、今のところ大きな問題は発生していません。この感じですと、Yosemiteへバージョンアップしても、ソフトウェアが対応していなくて困ったというようなことは、ほとんどないのではないでしょうか。
とくに問題が無さそうなソフトウェア
細かいところで不具合ケある可能性がありますが、ざっと触っている感じで、とくに不具合が無さそうなソフトウェアを上げていきます。
Dropbox:とくに問題なし
Mac に Dropbox をインストール
インストールすると便利。
BetterTouchTool:とくに問題なし
Great Tools For Your Mac By Andreas Hegenberg » BetterTouchTool, BetterSnapTool & SecondBar
トラックパッドがより便利に。
TextExpander:とくに問題なし
TextExpander: Mac Typing Shortcut Utility Saves You Time TextExpander: Mac Typing Shortcut Utility Saves You Time
Mac App Store版より、公式ページバージョンがオススメ。
Mailplane3:とくに問題なし
Mailplane
Gmailを使いやすく。
Evernote：とくに問題なし
Skitch：とくに問題なし
ClipMenu:とくに問題なし
OmniFocus:とくに問題なし
OmniFocus - The Omni Group
とてもつかいやすいToDoアプリ。
MarsEdit：とくに問題なし
Red Sweater Software
価格： 4,000円
posted with sticky on 2014.10.18
Reeder：とくに問題なし
Pocket：とくに問題なし
VMware Fusion 7.0：とくに問題なし
Adobe Illustrator CS5.1：とくに問題なし
Adobe Photoshop CS5.1：とくに問題なし
Adobe Lightroom5：細かい不具合有り。SDカードの写真を読み込むと、番号順に表示されない。その他にも細かい不具合有り。
全体的にAdobeのソフトは、動くけど細かい不具合があるようです。
Th-MakerX:とくに問題なし
Tweetbot:とくに問題なし
僕が使っているアプリでは、とくに動作に問題があるソフトウェア（アプリ）はありませんでした。Adobe Illustrator CS5.1など、Adobeのソフトが普通に動いたので、個人的にはホッと一安心といったところです。
Finder周りが微妙な感じ
ソフトウェアのほうは、ほとんど問題ない感じです。しかし、一番基本的なFinder周りが不安定のように感じます。デジカメのSDカードをさしてjpegデータをコピーしようとしたところ、SDカード内のフォルダーが表示されないといったような症状に遭遇しました。他にも普通にMacBook pro内のフォルダーをダブルクリックして開くと、うまく中のフォルダーが表示されないことがあります。一度ウインドウを閉じてから、再度ウインドウを開くと、とくに問題なくファイルを見ることができます。一度ウインドウを閉じれば見ることができるので、そこまで不便を感じませんが、わりと基本的な部分です。早い修正アップデートをお願いしたいところです。
Twitter でおーの ゆーやをフォローしよう！
Follow @15tei
Adobe Lightroom5：問題ありです。デジカメの写真を撮り込む際に写真の番号どおり（古いものからあたらし順番に）表示されないし、写真の回転も直っていませんでした。OS10.9では問題なく動いていました。
情報ありがとうございます。たしかに、SDカードから写真を取り込むと、番号順になっていませんでした。
ご指摘ありがとうございます。追記しておきます。
YosemiteにするとIllustrator CS5でフォントプレビューができない例があるみたいなのですが、問題はありませんでしたか？
Illustrator CS5でフォントプレビューができない件については、僕の環境では問題なくフォントプレビューできています。
illustratorを再インストールはしていません。